公司员工需区分不同的情形，向其单位提供捐赠凭证的复印件。

情况一：员工通过公益性社会组织、县级以上国家机关等部门捐赠用于应对新冠肺炎疫情的。

员工应向单位提供公益性捐赠票据、公益性捐赠证书、《非税收入一般缴款书》的复印件等资料。对于员工未能及时提供捐赠凭证复印件的，公司可暂以其员工的微信支付记录、银行转账记录等复印件（手机截图）办理扣除，同时注意告知员工需在捐赠的90日内及时补充提供正式的捐赠凭证。

情况二：单位统一组织员工捐赠的。

公司凭公益性社会组织、国家机关开具的汇总票据或者医院开具的捐赠接收函，以及员工明细单办理扣除。

情况三：员工直接向承担疫情防治任务的医院捐赠用于应对新型冠状病毒感染的肺炎疫情的物品，应提供疫情防治任务的医院开具的捐赠接收函复印件办理税前扣除事宜。

参考文件：疫情防控税收优惠政策热点问答（第七期） 第二十七条。