境内公司向境外企业支付费用，代扣代缴的增值税由境内企业承担的账务处理您参考：

情形一：若境外企业开具的发票或者具有发票性质的收款凭证，载明的金额包含境内企业代扣代缴的增值税，说明境外企业取得的收入为含税收入，境内企业支出包含代扣代缴税费，境内企业承担的境外企业税费实为境内企业应向境外企业支付的款项：

①借：生产成本、无形资产、管理费用等

应交税费—应交增值税（进项税额）

贷：应付账款等

应交税费—代扣代交增值税

②借：应交税费—代扣代交增值税

贷：银行存款

情形二：若境外企业开具形式发票载明的金额不包含境内企业代扣代缴的税费，说明境外企业取得的收入为不含税收入，境内企业的此笔支出应为不含税支出，账务处理参考：

①借：生产成本、无形资产、管理费用等

贷：应付账款等

②借：应交税费—应交增值税（进项税额）

贷：应交税费—代扣代交增值税

③借：应交税费—代扣代交增值税

贷：银行存款

注：情形二里实务中一般是能进项抵扣的，如主管税局认为不能抵扣，需要将进项税额结转入相关成本费用，另外建议要求境外企业正确开具形式发票。