企业既有增值税欠税，又有期末留抵税额的，按照最近一期增值税及附加税费申报表“期末留抵税额”，抵减增值税欠税后的余额确定允许退还的留抵税额。

参考文件：《国家税务总局关于办理增值税期末留抵退税有关征管事项的公告》（国家税务总局公告2025年第20号）第十条第（三）项。