在同一申报期既申报免抵退税又申请办理留抵退税的，或者在纳税人申请办理留抵退税时存在尚未经税务机关核准的免抵退税应退税额的，应当待税务机关核准免抵退税应退税额后，按照最近一期增值税及附加税费申报表“期末留抵税额”，扣减税务机关核准的免抵退税应退税额后的余额确定允许退还的留抵税额。

小贴士：①纳税人出口货物或者跨境销售服务、无形资产，适用免抵退税办法的，应当先办理免抵退税，免抵退税办理完毕后，仍符合条件的，可以按规定办理留抵退税；适用免退税办法的，对应进项税额不得用于退还留抵税额。

②税务机关核准的免抵退税应退税额，是指税务机关当期已核准，但纳税人尚未在增值税及附加税费申报表相关栏次中填报的免抵退税应退税额。

参考文件：《国家税务总局关于办理增值税期末留抵退税有关征管事项的公告》（国家税务总局公告2025年第20号）第十条第（二）项。