由税务机关查补补交的个税，不可以申请个人所得税手续费返还。

参考文件：《国家税务总局关于发布<个人所得税扣缴申报管理办法（试行）>的公告》(国家税务总局公告2018年第61号)第十七条 对扣缴义务人按照规定扣缴的税款，按年付给百分之二的手续费。不包括税务机关、司法机关等查补或者责令补扣的税款。