自然人股东将自己使用过的车辆投资入股，属于视同销售情形，符合其他个人销售自己使用过的物品免征增值税的规定，因此，可以免征增值税。

政策依据：

《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条　下列项目免征增值税：（七）销售的自己使用过的物品。 《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第三十五条 条例第十五条规定的部分免税项目的范围，限定如下：（三）第一款第（七）项所称自己使用过的物品，是指其他个人自己使用过的物品。