自然人股东转让股权，计算个人所得税时股权原值的确定，可以参考以下情况：

1、以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；

2、以非货币性资产出资方式取得的股权，按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；

3、通过无偿让渡方式取得股权，具备本办法第十三条第二项所列情形的，按取得股权发生的合理税费与原持有人的股权原值之和确认股权原值；

4、被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值；

5、除以上情形外，由主管税务机关按照避免重复征收个人所得税的原则合理确认股权原值。

参考文件：《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号）第十五条。