债券兑付确认书可以作为税前扣除凭证。

了解：企业在证券市场发行债券，通过中国证券登记结算有限公司向投资者支付利息是法定要求，考虑到中国证券登记结算有限公司转给投资者的利息支出均有记录，税务机关可以通过中国证券登记结算有限公司获取收息企业信息，收息方可控的实际情况，允许债券发行企业凭中国证券登记结算有限公司开具的收息凭证、向投资者兑付利息证明等证据资料税前扣除。

参考文件：北京税务发布的《企业所得税实务操作政策指引（第一期）》一、应纳税所得额的计算（二）扣除 11.债券利息税前扣除凭证问题。