公司受托对其员工的综合所得进行个人所得税汇算清缴，是通过员工个人账户补、退税款，不属于申请“三代”税款手续费的范围。

参考文件：《国家税务总局 财政部 中国人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（税总财务发[2023]48号）第一条 “三代”范围 。