由业主个人承担的基本养老保险是可以扣除的。因为个体工商户按照国务院有关主管部门或者省级人民政府规定的范围和标准为其业主和从业人员缴纳的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、生育保险费、工伤保险费和住房公积金，准予扣除，无论是个人承担部分还是企业承担部分，均可以在申报经营所得时扣除。

参考文件：国家税务总局关于《个体工商户个人所得税计税办法》征求意见的通知第二十二条。