是否可以在申报个税时扣除，实务中具体有以下两种观点：
一、个人全额承担的社保，只有个人部分能够在计算个人所得税时扣除，个人承担的应该由公司承担的部分，不能在计算个人所得税时扣除。理由是个人承担公司应交付部分，不属于个人按照规定的比例交纳，故而不能在个人所得税前扣除。
二、个人以单位名义缴纳的社保，应当免征个人所得税。因此，单位为职工承担个人应负担部分的法定保险金，如果已并入员工的工资薪金所得，在计算工资薪金所得时，单位缴纳的部分允许作为免税扣除；如果没有并入工资、薪金所得，在计算应纳税所得额时也不再作为免税扣除。对于个人负担的单位应当负担的社保部分，可以认定为单位应当负担的部分已并入工资、薪金所得，所以，对个人负担的单位社保部分可以免征个人所得税。
注：这块实务中是有争议的，建议再和当地税局确认一下，最终以税局规定为准。
参考文件：《个人所得税法》第六条；《财政部，国家税务总局关于基本养老保险费，基本医疗保险费，失业保险费，住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税[2006]10号）。