南水北调工程中，水工程管理单位为配置或者调度水资源取水的，属于不征水资源税的情形，不涉及申报及缴纳水资源税。

但，企业取用南水北调后的水资源，应当根据调入区域（比如跨省调入河北，调入区就是河北）适用税额和实际取用水量，向调入区域所在地的税务机关申报缴纳水资源税。

参考政策：财政部 税务总局 水利部关于印发 《水资源税改革试点实施办法》的通知（财税〔2024〕28号）第三条 、  第二十三条