丢失已开具增值税专用发票，应于发现丢失发票当日按规定办理发票遗失、损毁报告，并进行挂失后的处理。具体步骤如下：
第一步、办理发票挂失手续。
纳税人丢失了已开具的增值税专用发票发票联和抵扣联时，应由丢失方于发现丢失发票当日向其主管税务机关挂失发票。
您可携带办税指南规定资料前往主管税务机关办理挂失报备，也可以选择在电子税务局进行预申请，并于5日内到办税服务厅完成业务办理（电子税务局挂失报备预申请路径：【办税桌面】-【我要办税】-【综合信息报告】-【特定涉税信息报告】-【发票挂失、损毁报告】）。
“发票遗失、损毁报告”所需资料如下：
（1）《发票挂失/损毁报告表》1份；
（2）对于发票遗失、损毁且发票数量较大在报告表中无法全部反映的纳税人，还需提供《挂失/损毁发票清单》1份。
（表单可在国家税务总局深圳市税务局网站“纳税服务”-“下载中心”-“表格下载”栏目（具体下载地址）下载，或到办税服务厅领取）
第二步、挂失后的处理。
（1）丢失发票联：可凭相应发票的抵扣联复印件，作为记账凭证；
（2）丢失抵扣联：可凭相应发票的发票联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证或退税凭证；
（3）丢失发票联和抵扣联：纳税人同时丢失已开具增值税专用发票的发票联和抵扣联，可凭加盖销售方发票专用章的相应发票记账联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证。