大额医疗保险不属于个人所得税前可以扣除的基本医疗保险费，在国家没有新规定之前，应在向保险公司缴付时并入“工资、薪金所得”纳税。
注：大额医疗保险是险种的名称，这个名称各地略有区别，但是都不能跟社保一起在税前扣除，也建议和当地社保部门再核实一下，最终以社保部门规定为准。
参考文件：《个人所得税法实施条例》第二十五条规定，按照国家规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。
《国家税务总局关于单位为员工支付有关保险缴纳个人所得税问题的批复》（国税函〔2005〕318号）规定，依据《中华人民共和国个人所得税法》及有关规定，对企业为员工支付各项免税之外的保险金，应在企业向保险公司缴付时（即该保险落到被保险人的保险账户）并入员工当期的工资收入，按“工资、薪金所得”项目计征个人所得税，税款由企业负责代扣代缴。