只给部分员工缴纳的补充养老、补充医疗保险不允许税前扣除，因为根据规定，需要为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费才可以按规定标准税前扣除。
参考文件：《财政部 国家税务总局关于补充养老保险费、补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税【2009】27号）。