一般不影响，生产企业对外出口，报关单上的运费和实际支付的运费不一致 ，那申报出口退税时按实际金额计算，计算出口退税应申报的FOB价为报关单CIF总价-（运费发票实际金额+保费发票实际金额）。
注：实务中，也建议和当地税局再确认一下，最终以税局规定为准。