企业需要结合自身实际情况进行分析和选择：
1、选择增值税即征即退政策优点是在后续生产经营过程中，存在实际入库的增值税款，可申请退还，长期来看有利于降低企业的实际税负率；缺点是可能会造成企业前期增值税留抵税额的闲置，企业资金的使用效率相对较低，资金紧缺时不利于降低融资成本；
2、选择申请增值税留抵退税优点是公司能够充分消化前期产生的增值税留抵税额，提高资金使用效率，资金紧缺时可缓解融资压力，降低企业的融资成本；缺点是企业一旦选择适用增值税留抵退税政策，将无法再享受即征即退政策，后续生产经营过程中如果产生入库税款，实际税负率可能相对较高。
总结：企业应该结合自身实际情况，提前做好测算，做好方案设计。特别是对退税比例较高的企业来说，在选择适用增值税增量留抵退税政策时，不仅要考虑取得退税款的当期现金流情况，还应综合考量后期的资金流。