企业个税被申诉，被申诉企业通常不会直接面临处罚措施，主要风险在于可能引发关注。税务机关在核查申诉情况的同时，会通过金税系统、电子底账系统、个人所得税申报清册等渠道进行税收大数据分析比对，从而更有效地排查被申诉企业可能存在的税收合规问题。例如：

1、关注企业是否存在工资在个税起征点以下的人员占比过高的情况，怀疑其是否存在未依法履行代扣代缴个税义务的问题；

2、分析成本构成中工资占比的合理性，关注高龄从业人员比例是否偏高，是否存在虚增工资以多列支费用、减少企业所得税的可能。情节严重的可能被认定为偷税，不仅影响企业信用等级，还可能涉及行政处罚；

3、分析相关费用支出与取得发票是否相符，是否存在账外列支行为；

4、若企业疑点过高，税务机关有可能进行实地核查。

提示：新个人所得税法实施后，利用虚列员工、虚增工资、阴阳工资、假工资表等常见手段逃避所得税税款的方式，在税收大数据风险比对时代已无法继续使用。建议企业据实入账，建立用工档案，按月归集考勤表、工资发放表、银行代发工资凭证等资料，以证明业务的真实性。