小规模开具的3%农产品专票，您单位在待处理农产品发票模块处理确认后，就可以正常勾选抵扣了，但勾选的时候进项税额自动计算，并不一定就是发票上的金额合计*9%，因为有些专票中开具的部分货物不属于农产品（或编码开具不规范，未按农产品开具），您可以核对一下税额。