企税季报主表的职工薪酬两个栏次是否包含分公司的金额需要区分情况，参考以下：

1、总分公司汇总缴纳企业所得税情况下，总公司的职工薪酬两个栏次需要包含分公司员工的，但总公司实际申报时，“实际支付给职工的应付职工薪酬”栏次目前不会自动提取分公司的职工薪酬，如提取的不对，总公司需自行修改，因修改导致的比对异常提醒，属于提示类，不阻断申报；

2、分公司独自缴纳企业所得税，总分公司未汇总纳税情况下，总公司的职工薪酬两个栏次均不含分公司员工的薪酬。