高新技术企业认定时，折旧费用是指用于研究开发活动的仪器、设备和在用建筑物的折旧费。

参考文件：科技部 财政部 国家税务总局关于修订印发《高新技术企业认定管理工作指引》的通知（国科发火【2016】195号）。