建筑企业差额扣除的分包款支出，应当取得符合法律、行政法规和国家税务总局规定的合法有效凭证，否则不得扣除。稳妥起见建议取得分包款发票再扣除。实务中，简易计税工程支付的分包款还未取得发票，申报时可以差额扣除，待取得发票后及时补上。但各地税局存在差异，建议以所属税局的要求为准~
参考文件：（国家税务总局2016年第17号公告）第六条。