纳税人可以在两种方式中选择：
1、由扣缴义务人办理专项附加扣除
（一）纳税人通过远程办税端选择扣缴义务人并报送专项附加扣除信息的，扣缴义务人根据接收的扣除信息办理扣除。
（二）纳税人通过填写电子或者纸质《扣除信息表》直接报送扣缴义务人的，扣缴义务人将相关信息导入或者录入扣缴端软件，并在次月办理扣缴申报时提交给主管税务机关。《扣除信息表》应当一式两份，纳税人和扣缴义务人签字（章）后分别留存备查。
2、年度终了后办理汇算清缴申报时享受专项附加扣除
既可以通过远程办税端报送专项附加扣除信息，也可以将电子或者纸质《扣除信息表》（一式两份）报送给汇缴地主管税务机关。
报送电子《扣除信息表》的，主管税务机关受理打印，交由纳税人签字后，一份由纳税人留存备查，一份由税务机关留存；报送纸质《扣除信息表》的，纳税人签字确认、主管税务机关受理签章后，一份退还纳税人留存备查，一份由税务机关留存。
注：为了减轻纳税人负担，2019年已办理过专项附加扣除，如果信息不需要修改，则不需要进行信息确认，已填报的扣除信息将自动视同有效并延期至2020年。
参考文件：国家税务总局关于修订发布《个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）》的公告（国家税务总局公告2022年第7号）；个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）。