纸质的增值税普通发票已入账，发生退货时经双方协商一致，可以将原发票退回给销售方或者不退回原发票，而是给销售方提供不能退回原发票的有效证明。

参考文件：税总货便函[2017]127号 国家税务总局货物和劳务税司关于做好增值税发票使用宣传辅导有关工作的通知第十七条。