差额征税有效的扣除凭证包括：

（1）支付给境内单位或者个人的款项，以发票为合法有效凭证；

（2）支付给境外单位或者个人的款项，以该单位或者个人的签收单据为合法有效凭证，税务机关对签收单据有疑议的，可以要求其提供境外公证机构的确认证明；

（3）缴纳的税款，以完税凭证为合法有效凭证；

（4）扣除的政府性基金、行政事业性收费或者向政府支付的土地价款，以省级以上(含省级)财政部门监(印)制的财政票据为合法有效凭证；

（5）国家税务总局规定的其他凭证。

注：纳税人取得的上述凭证属于增值税扣税凭证的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。

参考文件：财税【2016】36号文件