办理证件、门禁卡、充值卡等，单独收取的工本费可以参考以下情况缴纳增值税：

1、工本费中属于押金性质的部分，即到期退还的，不属于增值税征税范围，不需要缴纳增值税；

2、工本费一次性收取，后期不退还的，需要按照销售货物缴纳增值税。