个人缴纳的灵活就业社保，可以在计算综合所得时扣除。

注：在单位任职的员工，不缴纳职工保险而缴纳灵活就业保险违反了社保的相关规定，但税法并未对缴纳形式有要求，应是可以扣的，稳妥起见建议和税局确认下。

政策依据：《中华人民共和国个人所得税法》第六条。