情况一：总分机构汇总纳税，总机构的财务报表应是包含分支机构合并后的。

情况二：总分机构不是汇总纳税，分支机构按独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税的，这种情况无具体政策规定，从企业所得税和财务报表的比对关系分析来看，总机构财务报表是不包含分支机构的财务数据的。