分公司由独立纳税变为汇总纳税，分公司原来独立纳税时产生的亏损不能汇总到总公司弥补，若属于合并、分立等满足特殊性税务处理的特殊情形的，则可以按规定弥补；而分公司汇总纳税后新发生的亏损，可直接合并计算并自动弥补。

参考文件：《中华人民共和国企业所得税法》第十八条；《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（国家税务总局公告2012年第57号）；《财政部 国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）。