员工发生工伤，单位支付的工伤医疗费、赔偿款，目前总局没有明确规定能否税前扣除，实际执行中一般不超过当地政府赔付标准的部分是可以扣除的，具体规定建议您与所属税局确认下。
注：有可能需要提供相关证明材料，如：事故鉴定证明、按当地政府规定与职工签订的赔偿协议、劳动仲裁协议或法院判决材料，支付记录等。

因员工工伤企业发生的赔款支出，可以按照以下规定企业所得税税前扣除。
（河北省地方税务局公告2011年第1号）第十条规定：纳税人因意外事故发生的生产经营损失，经税局批准可在税前扣除，支付的抚恤和补赔偿金允许其在进行纳税申报时自行扣除。如果纳税人为其雇员缴纳了工伤保险，可先用工伤保险基金支付，其差额由纳税人在进行纳税申报时自行扣除。