农民工工资属于工程款的一部分，施工单位与建设单位之间的结算如下：
1、施工单位与建设单位进行工程计量结算时
借：银行存款—总承包方基本户
银行存款—农民工工资专用账户
应收账款（建设单位拖欠的部分工程结算进度款）
贷：工程结算【旧准则】/合同结算—价款结算【新准则】（总承包方与建设单位应结算的工程不含税进度款）
应交税费—待转销项税额（建设单位拖欠的部分工程结算进度款也未开票，合同也未约定付款日期）
应交税费—应交增值税（销项税额）
或应交税费—简易计税
注：小规模纳税人直接使用“应交税费—应交增值税”
2、后期收到拖欠的工程款或开具发票的
借：银行存款—**
贷：应收账款
借：应交税费—待转销项税额
贷：应交税费—应交增值税（销项税额）