建设单位直接拨付到农民工工资专用账户的款项，依然属于工程款的一部分，因此，施工单位应当开具建筑服务发票，必须在发票的备注栏注明建筑服务发生地县（市、区）名称及项目名称。

除此以外备注栏的备注内容没有其他硬性规定了，实务中建议您在发票备注栏注明“含建设单位向农民工工资专户（账号****）拨付农民工工资****元”，以更好的反映业务情况。

参考文件：《国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点有关税收征收管理事项的公告》（国家税务总局公告2016年第23号）第四条第三款。