建设单位直接拨付到农民工工资专用账户的款项，依然属于工程款的一部分，施工单位应当开具建筑服务发票，农民工工资是否要在备注栏备注，政策上没有硬性规定，实务中有备注的，也有不备注的。

您可以在发票备注栏注明“含建设单位向农民工工资专户（账号****）拨付农民工工资****元”，以更好的反映业务情况。