纸质发票丢失可能会命中“未按规定保管纸质发票并造成发票损毁、遗失的”指标，每次扣3分。

参考文件：国家税务总局关于发布《纳税缴费信用管理办法》的公告（国家税务总局公告2025年第12号）附件1：纳税缴费信用评价指标和评价方式.xlsx。