发票丢失会影响纳税信用评价的。未按规定保管纸质发票并造成发票损毁、遗失的扣3分。

参考文件：国家税务总局关于发布《纳税信用评价指标和评价方式(试行)》的公告（国家税务总局公告2014年第48号）附件。