发票丢失扣信用分，是依据丢失次数扣分的。

参考文件：《国家税务总局关于发布《纳税信用评价指标和评价方式(试行)》的公告》（国家税务总局公告2014年第48号）附件：纳税信用评价指标和评价方式，未按规定保管纸质发票并造成发票损毁、遗失的，每次扣3分。