因发票丢失扣企业纳税缴费信用分的，依据的是丢失次数。

参考指标：“未按规定保管纸质发票并造成发票损毁、遗失的”，按次计算，每次扣3分。

参考文件：国家税务总局关于发布《纳税缴费信用管理办法》的公告（国家税务总局公告2025年第12号）附件1：纳税缴费信用评价指标和评价方式.xlsx。