​海关缴款书可以作为增值税扣税凭证进行抵扣。增值税一般纳税人从海关取得的海关进口增值税专用缴款书，无任何异常的直接勾选不需要上传信息稽查比对，有异常的和海关缴款书上有两个单位的要上传并稽核比对需经税务机关稽核比对相符后，其增值税额方能作为进项税额在销项税额中抵扣。

参考文件：

1、《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税【2016】36号） 附件一：营业税改征增值税试点实施办法第二十五条；

2、《国家税务总局关于增值税发票管理等有关事项的公告》（国家税务总局公告2019年第33号）第二条；

3、《国家税务总局关于取消增值税扣税凭证认证确认期限等增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告2019年第45号）第一条。