分公司销售货物，不能由总公司开具增值税专用发票，总分机构应由不同税务机关管理，使用不同的税号，应当各自开票并分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。

参考文件：《增值税暂行条例》第二十二条规定，固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。