分公司销售货物，不能由总公司开具增值税专用发票，总分机构应由不同税务机关管理，使用不同的税号，应当各自开票并分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。

参考文件：《中华人民共和国增值税法》第二十九条，《中华人民共和国增值税法实施条例》第四十二条。