总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经省级以上财政、税务主管部门批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。

其中“省级以上财政、税务主管部门批准可以由总机构汇总申报纳税”，是指：

①有固定生产经营场所的纳税人，总机构和分支机构不在同一省（自治区、直辖市）内的，经国务院财政、税务主管部门批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税；

②总机构和分支机构在同一省（自治区、直辖市）内但不在同一县（市、区、旗）内的，经省（自治区、直辖市）财政、税务主管部门批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。

参考文件：《中华人民共和国增值税法》第二十九条，《中华人民共和国增值税法实施条例》第四十二条。