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总机构和分支机构不在同一县(市)的,应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税;经财政部和国家税务总局或者其授权的财政和税务机关批准,可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
参考文件:《中华人民共和国增值税暂行条例》(中华人民共和国国务院令第538号)第二十二条;《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税【2016】36号)第四十六条。