契税滞纳金在土地增值税计算时不能扣除。

对于企业因违约而承受的处罚性开支，如土地闲置费及契税滞纳金等，不属于按税法规定正常开支的成本费用和国家统一规定缴纳的有关费用，以及在转让环节缴纳税金的范畴，不能作为扣除的项目金额。因此，在计征土地增值税时不能作为正常的成本费用支出予以扣除。

政策依据：《土地增值税暂行条例》（国务院令第138号）第六条、《土地增值税暂行条例实施细则》（财法字1995 6号）第七条。