轨道交通系统运营用房如果属于地方铁路运输企业的自用房，可以享受财税[2004]36号的优惠，反之则不享受。

地方铁路运输企业自用的房产、土地应缴纳的房产税、城镇土地使用税比照铁道部所属铁路运输企业的政策执行免征房产税、城镇土地使用税。

具体执行建议以当地主管税务机关的口径为主。

政策依据：财税[2004]36号 财政部 国家税务总局关于明确免征房产税、城镇土地使用税的铁路运输企业范围及有关问题的通知第二条。