企业计算缴纳残疾人就业保障金时工资总额包含年终奖。

参考文件：《财政部关于取消、调整部分政府性基金有关政策的通知》(财税〔2017〕18号)第二条第二款的规定，用人单位在职职工年平均工资的计算口径，按照国家统计局关于工资总额组成的有关规定执行。

另《关于工资总额组成的规定》(国家统计局令第1号)的规定，工资总额由下列六部分组成：(一)计时工资;(二)计件工资;(三)奖金;(四)津贴和补贴;(五)加班加点工资;(六)特殊情况下支付的工资。