夫妻双方主要工作城市相同，分别租房住房租金支出扣除区分以下情况处理：

情况一：在主要工作城市夫妻任意一方有自有住房的，双方都不能享受住房租金专项附加扣除；

情况二：在主要工作城市夫妻无住房分别租房的，只能由一方扣除住房租金支出。

注：纳税人及其配偶在一个纳税年度内不能同时分别享受住房贷款利息和住房租金专项附加扣除。

政策依据：《国务院关于印发个人所得税专项附加扣除暂行办法的通知》（国发[2018]41号）第十七、十八、二十条。