夫妻双方主要工作城市不同，分别租房住房租金支出扣除区分以下情况处理：

情况一：夫妻双方主要工作城市不同，且都无住房，可以分别扣除住房租金支出。

情况二：夫妻双方在其中一方主要工作城市有自有住房，另一方主要工作城市无自有住房，无自有住房的一方可享受住房租金专项附加扣除，但双方在一个纳税年度内不能同时分别享受住房贷款利息和住房租金专项附加扣除。

政策依据：《国务院关于印发个人所得税专项附加扣除暂行办法的通知》（国发[2018]41号）第十七、十八、二十条；《个人所得税专项附加扣除200问》第六十六条。