以专利技术进行投资实质是技术转让和投资同时发生，技术转让属于销售无形资产，由于销售无形资产的销售方或者购买方在境内，属于增值税的纳税义务人。另外，境外非居民企业以专利技术投资境内公司若符合《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第一条第（二十六）项规定，并且按照相关规定完成认定备案程序可以享受免征增值税。

参考文件：财税[2016]36号 财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知附件一营业税改征增值税试点实施办法第十二条；附件三：营业税改征增值税试点过渡政策的规定第二十六条：纳税人提供技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务。

备案程序：试点纳税人申请免征增值税时，须持技术转让、开发的书面合同，到纳税人所在地省级科技主管部门进行认定，并持有关的书面合同和科技主管部门审核意见证明文件报主管税务机关备查。