员工自行在异地缴纳社保并将公司承担部分进行报销，报销部分是否可以企税税前扣除，没有政策具体规定，实务中主要是有以下两种观点，您参考：
观点一：企业承担任职受雇期间内员工按国家规定缴纳社保的单位缴纳部分，可以凭借社保单据等在企业所得税税前扣除。
观点二：员工缴纳的社保应由用人单位代扣代缴，企业缴纳的社保，需以开具的财政票据为税前扣除凭证。所以员工自行申报社保并到公司报销，不可以税前扣除。
稳妥起见建议您咨询下主管税局的业务要求哦。

员工自行在异地缴纳社保并将公司承担部分进行报销，企业承担任职受雇期间内员工按国家规定缴纳社保的单位缴纳部分，可以凭借社保单据等在企业所得税税前扣除。
参考文件：《企业所得税法实施条例》第三十五条；江苏税务局2014年第一季度12366热点问题。