​如果企业销售的育苗基质属于有机肥产品，自2008年6月1日起，生产销售和批发、零售有机肥产品可以享受免征增值税。销售免税的有机肥产品，需要开具免税的增值税普通发票，不得开具增值税专用发票。如果不属于有机肥产品，应按征收率3%开具增值税专用发票或者增值税普通发票。

注意：享受上述免税政策的有机肥产品是指有机肥料、有机-无机复混肥料和生物有机肥。

1.有机肥料：来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为主要功能的含碳物料。

2.有机—无机复混肥料：由有机和无机肥料混合和（或）化合制成的含有一定量有机肥料的复混肥料。

3.生物有机肥：特定功能微生物与主要以动植物残体（如禽畜粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。

参考文件：《财政部 国家税务总局关于有机肥产品免征增值税的通知》（财税【2008】56号）第一、二、四条