上市公司在等待期间，根据股票的公允价格及股票数量，计算出总额，会计上计算确认为相关成本费用，其对应科目为待结转的“其他资本公积”，不得在对应年度计算缴纳企业所得税时扣除，要进行纳税调增处理。

参考依据：《国家税务总局关于我国居民企业实行股权激励计划有关企业所得税处理问题的公告》(国家税务总局公告2012年第18号)第二条。