城镇公共供水企业缴纳的水资源税在终端综合水价中单列的部分，可以在增值税计税依据中扣除，不缴纳增值税，并按照“不征增值税自来水”项目开具普通发票。

参考文件：《 国家税务总局 财政部 水利部关于水资源税有关征管问题的公告》（国家税务总局 财政部 水利部公告2024年第12号）。