分公司注销，之前留抵的进项税额是否可以转给总公司抵扣您可以参考以下情况处理：

1、增值税是汇总申报的总分公司，分公司注销，留底的进项还是在总公司的增值税报表中，由总公司继续留抵，后续按规定进行抵扣。

2、增值税是单独申报的总分公司，分公司注销时留底的进项税额，目前理解可以参考《国家税务总局关于纳税人资产重组增值税留抵税额处理有关问题的公告》（国家税务总局公告2012年第55号）第一条规定，“增值税一般纳税人在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人，并按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣”，但实操中需要向税局申请，税局是否认可按照55号公告执行，以税局答复为准。