运输企业常见税务风险的防范建议您参考：

1、注意取得合法合规的加油费、通行费等进项发票，避免服务行业税负率过高。

2、尽量维持营业收入与营业成本相匹配，比如，运输车辆司机的工资可以计入成本核算，而不是直接计入费用核算。

3、新增值法执行后，同一项应税交易涉及两个税率的，如分开核算开票存在风险，应按此项应税交易的主要业务开票。