银行罚息不可以在计算土地增值税时扣除，根据税法规定，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的利息支出，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额；对于超过贷款期限的利息部分和加罚的利息不允许扣除。
参考文件：《关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字〔1995〕48号）第八条第二款。